Родился 12 ноября 1924 года в селе Дворцы Калужского района Калужской области. Отец — Манакин Федор Зиновьевич. Мать — Манакина Дарья Калиновна. Супруга — Манакина Валентина Макеевна (1925 г. рожд.). Сыновья: Эдуард Михайлович (1947 г. рожд.), архитектор; Евгений Михайлович (1951 г. рожд.), дипломат.

После окончания 8-го класса Лев-Толстовской средней школы Михаил Манакин поступил в школу ФЗО в Калуге. Там проучился шесть месяцев. Получил специальность монтажника и был направлен на Калужский турбинный завод. Но работать пришлось недолго: началась война. Михаил не раздумывал, сразу решил: иду на фронт. Просьбу добровольца поддержали. Так он, семнадцатилетний юнец, надел шинель. И уже вскоре ему вместе с однополчанами пришлось отстаивать родную калужскую землю.

Прошел он тогда через многие нелегкие испытания. Но особенно трудным был бой за село Попково под Сухиничами. Там фашисты, стянув значительные огневые средства, создали мощный укрепленный опорный пункт. Несколько раз поднимались автоматчики в атаку, но сплошная стена огня преграждала путь вперед. Но вот снова среди огня и дыма поднялись командир роты — энергичный и неутомимый капитан Кудояр и командир отделения — сибиряк старший сержант Байло. А вслед за ними в атаку рванулся Михаил Манакин, его боевые товарищи, весь 32-й стрелковый полк. Преодолев под сильным огнем расстояние, отделявшее атакующих от фашистов, ворвались в траншею, схватились врукопашную. И одержали победу. Над селом Попковым вновь взвился красный флаг.

Между тем командование обратило внимание на то, что Михаил Манакин обладает командирскими задатками. Его направляют на учебу. С марта по июль 1943 года он учился на курсах младших лейтенантов 61-й армии Брянского фронта. Оттуда возвратился в свой родной 32-й гвардейский стрелковый полк 12-й гвардейской стрелковой дивизии. Теперь уже на должность командира взвода автоматчиков.

И снова одна за другой схватки с врагом. Среди них и самое выдающееся событие — битва за Днепр. Тогда тысячи воинов — одни на паромах, другие на плотах из бревен и досок, третьи на плащ-палатках, набитых сеном и соломой, — переправлялись на правый берег реки. Среди них был и лейтенант Михаил Манакин со своим взводом автоматчиков. А когда перебрались через Днепр, цепко держались на захваченном плацдарме. Тогда Манакин, как и многие другие, был удостоен звания Героя Советского Союза.

Для вручения награды Манакина вызвали в Москву. Кремль буквально поразил его. Никогда еще не видел он столько известных людей, сколько было их в тот день в Георгиевском зале. И у всех на груди — множество наград. А на его лейтенантской гимнастерке даже не было еще ни одной медали. В зал вошли заместитель Председателя Президиума Верховного Совета СССР Ю. Палецкис и секретарь Президиума А. Горкин. Началось вручение наград. Вскоре назвали и его фамилию. Вскочил и растерялся: как идти, опираясь на палочку или оставить ее?

— Если вам трудно, товарищ Манакин, идите с палочкой, — услышал он сочувственный голос.

Михаил одернул гимнастерку, пошел, прихрамывая. А сердце готово было вырваться из груди.

Прикрепляя к гимнастерке Золотую Звезду Героя, Палецкис сказал:

— Вы совсем молоды. Сколько вам лет?

— Девятнадцать, — ответил он и еще больше покраснел.

— Вот какая у нас молодежь, — обратился Палецкис к присутствующим в зале, — товарищ Манакин робеет, когда его награждают, а в боях страху не ведал!

Этот акт награждения состоялся после того, как Михаил Манакин отлежал семь месяцев в госпитале. Тяжелое ранение он получил на том самом плацдарме, который отстаивал на правом берегу Днепра.

После излечения — снова погоня за родным полком. Догнал своих автоматчиков в Кобрине. Вскоре началось наступление на Брест. Рота автоматчиков во главе с Манакиным первой ворвалась в город. Позднее Михаил Федорович участвовал в освобождении Риги, в боях под Варшавой и Берлином. Со своим полком вышел на Эльбу.

После войны наступает время учебы. Прослужив два года командиром роты в Московском военном округе, Михаил Федорович поступает в Высшую офицерскую школу в Ленинградском военном округе. После ее окончания служил (1949—1951) в Московском военном округе. В 1951 году вновь начинается учеба. На этот раз в Военной академии тыла и транспорта. После выпуска из нее в 1955 году поднимается по службе до заместителя командира 4-й гвардейской Кантемировской дивизии по тылу. С 1964 по 1966 год учится в Военной академии Генерального штаба. С 1966 года по 1975 год М.Ф. Манакин — заместитель начальника тыла ряда военных округов. А с 1975 по 1988 год он был начальником тыла — заместителем командующего войсками Московского военного округа.

В пору службы Михаила Федоровича в Московском военном округе с наибольшей полнотой проявился его талант крупного тылового работника. По его инициативе в 4-й гвардейской Кантемировской дивизии создан образцово-показательный животноводческий комплекс и тепличное хозяйство. Позднее подобные комплексы и хозяйства появились и в ряде других соединений и частей округа. Огромный размах получило в округе и строительство хозяйственным способом баз, складов, хранилищ и других объектов материально-технической базы тыла. К тому же тыл округа стал своеобразной учебной базой для тыловых работников Вооруженных Сил.

Заслуги генерал-лейтенанта в отставке Михаила Федоровича Манакина достойно отмечены. Наряду с Золотой Звездой Героя он награжден орденами Ленина, Красного Знамени, Отечественной войны I степени, двумя орденами Отечественной войны II степени, орденами Октябрьской Революции, Трудового Красного Знамени, «За службу Родине в Вооруженных Силах СССР», многими медалями.

Михаил Федорович Манакин по характеру общителен, поддерживает и ныне связи с теми, кого учил и воспитывал. Активное участие принимает в жизни ветеранской организации штаба и управлений Московского военного округа. Главное из увлечений — охота на все разрешенные виды животных и птиц.