Родился 26 марта 1924 года. Отец — Ахутин Михаил Никифорович (1898?1953), во время Великой Отечественной войны — главный хирург всех фронтов. Мать — Ахутина Татьяна Сергеевна (1898?1972), химик, блокадница. Супруга — Ахутина Валентина Александровна (1947 г. рожд.), инженер. Сын — Андрей Владимирович (1955 г. рожд.). Дочь — Дарья Владимировна (1957 г. рожд.). Внук — Михаил.

Свои первые морские мили Владимир Ахутин прошел в 1938?1939 годах в детской спортивной школе Центрального яхт-клуба на Петровской косе в Ленинграде. Тогда ему трудно было себе представить, что впереди — военно-морской путь продолжительностью более 40 лет, гонки Колумба (1992) и регаты Кати Сарк…

В июне 1941 года Владимир окончил Военно-морскую спецшколу и поступил в Высшее военно-морское инженерное училище имени Ф.Э. Дзержинского в Ленинграде. В октябре 1941 года он был откомандирован на фронт, под Москву, где воевал в составе бригады морской пехоты на должности командира отделения роты разведки. В декабре 1941 года был тяжело ранен, а в январе 1942 года — он снова на Западном фронте в роте разведки десантного батальона морской пехоты.

В мае 1942 года Ахутин вернулся в свое училище, которое окончил в октябре 1946 года. В период обучения проходил боевые практики на подводных лодках «Л-4» и «М-32» Черноморского флота. После окончания училища служил на инженерных должностях на кораблях ВМФ на Балтийском море. В апреле 1947 года направлен на высшие спецкурсы ВМФ, которые окончил в 1948 году. С этого времени и до мая 1968 года В.М. Ахутин занимался научно-исследовательской, конструкторской и военно-организационной деятельностью в области создания новой техники для ВМФ. В 1958 году начал преподавательскую работу на кафедре автоматики ВЗЭИ. В 1955 году поступил в заочную аспирантуру, в 1958 году защитил кандидатскую диссертацию.

В 1964 году В.М. Ахутин организовал и возглавил первую в стране научно-исследовательскую лабораторию биомедицинской кибернетики, которая в 1968 году была преобразована в Особое конструкторское бюро биологической и медицинской кибернетики (ОКБ БИМК), а затем — в ГНУ «Научно-исследовательский конструкторско-технологический институт биотехнических систем» (НИКТИ БТС), директором — главным конструктором которого он является в настоящее время. Сегодня НИКТИ БТС — один из ведущих научных центров России в области создания биотехнических систем различного назначения. В 1971 году Владимир Михайлович защитил докторскую диссертацию, в 1972 году ему присвоено ученое звание профессора.

В.М. Ахутин — крупнейший ученый в области автоматизации, диагностики и прогнозирования состояния больших сложных систем и синтеза адаптивных систем автоматического управления высокой помехоустойчивости. Провел фундаментальные исследования по распространению электромагнитных полей оптического диапазона в дисперсных средах, предложил и теоретически обосновал методы анализа их состояния в отсутствии и при наличии возмущений; разработал теорию подавления естественных диффузных и искусственно создаваемых помех, что положило начало созданию принципиально новых адаптивных систем автоматического управления для подводных динамических объектов высокой помехоустойчивости. За эти работы, признанные пионерскими, ему в 1959 году была присуждена Ленинская премия. В.М. Ахутин является основоположником нового научного направления — теории биотехнических систем, в которых биологические элементы и системы различной сложности адекватно сопрягаются с техническими устройствами. Благодаря разработанным математическим методам текущей диагностики и прогнозирования состояний живого организма на базе автоматической обработки информации с биообъекта в реальном масштабе времени были решены практические задачи создания уникальных систем автоматического контроля и управления состоянием человека в экстремальных условиях глубоководных длительных погружений, подготовки и осуществления выхода космонавтов в свободное космическое пространство.

Под руководством В.М. Ахутина и при его непосредственном участии выполнены работы по обеспечению космических полетов (все экипажи космических кораблей, в том числе международные, с выходом в открытый космос для монтажных и ремонтных работ с 1975 года проходят подготовку в условиях гидроневесомости в гидролаборатории Звездного городка на аппаратуре, созданной в НИКТИ БТС); проведена разработка автоматизированных диагностических систем для клинической медицины и профилактических осмотров населения; созданы первые комплексы биомедицинской телеметрии для Республиканской клинической больницы города Баку, в то время не имевшие аналогов в СССР и за рубежом; разработаны биотехнические комплексы с использованием служебных морских животных.

Эти автоматизированные комплексы, диагностические системы для реанимации, а также биотехнические комплексы для длительного хранения изолированных функционирующих органов не имеют аналогов в России и за рубежом. Особенно продуктивным оказался предложенный В.М. Ахутиным метод поэтапного моделирования для оптимизации автоматизированных систем с человеком-оператором. Принципиально новый подход к синтезу биотехнических систем эргатического типа позволил адекватно сопрягать управляемые системы с сенсорными и моторными органами человека. За цикл работ в этом направлении в 1991 году ему присуждена премия Совета Министров СССР.

Большое внимание В.М. Ахутин всегда уделял подготовке специалистов по новым направлениям техники. С 1968 года работал по совместительству в Северо-Западном политехническом институте заведующим кафедрой охраны труда и биомедицинской кибернетики. С 1976 по 1992 год заведовал кафедрой биомедицинской электроники и охраны среды в Санкт-Петербургском государственном электротехническом университете. В.М. Ахутин в течение 25 лет является бессменным научным руководителем Всесоюзной, а затем Российской ежегодной школы молодых научных работников в области биомедкибернетики и биотехнических систем, постоянно привлекающей к себе внимание научной молодежи не только из России, но и из других стран СНГ.

Основные результаты научных исследований В.М. Ахутина нашли отражение в 12 монографиях и учебных пособиях, 157 печатных статьях и научных докладах, опубликованных в отечественных и иностранных изданиях. Он автор 48 изобретений. Под руководством В.М. Ахутина выполнено более 30 правительственных научно-исследовательских и опытно-конструкторских работ. Эти технические системы неоднократно удостаивались высших наград и дипломов на международных выставках.
В настоящее время Владимир Михайлович — научный руководитель комплекса фундаментальных исследований по разработке методов синтеза биотехнических систем управления и научным руководителем международной программы «Человек и море». В.М. Ахутин ведет большую научно-организационную и общественную работу, избран председателем секции Научного совета РАН по комплексной проблеме «Кибернетика». Он действительный член Международной инженерной академии, Международной академии информатизации при ООН, Международной академии наук в Нью-Йорке, Академии медико-технических наук России, Санкт-Петербургской инженерной академии.

В.М. Ахутин удостоен почетного звания «Заслуженный деятель науки РФ». Награжден орденом Отечественной войны I степени, двумя орденами Красной Звезды, орденом Дружбы народов, орденом Почета, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Москвы», «За оборону Кавказа», «За победу над Германией» и другими. Всего он имеет 21 государственную награду.

За большие заслуги в области развития космонавтики В.М. Ахутин удостоен медали имени академика С.П. Королева, медали имени академика М.В. Келдыша, юбилейной медали Ю.А. Гагарина, медали имени академика С.И. Вавилова. В 2004 году отмечен золотой медалью Международной академии информатизации при ООН. В.М. Ахутин является лауреатом «Золотой книги Санкт-Петербурга», подготовленной администрацией города в честь 300-летия Санкт-Петербурга.

В.М. Ахутин ведет большую патриотическую работу, является членом совета ветеранов 1-ой ударной армии, регулярно посещает места былых боев и всемерно содействует патриотическому воспитанию молодежи.

Мастер спорта по парусному спорту.

Живет и работает в Санкт-Петербурге.